Erst mal herzlich willkommen hier! Das, was Du von Deinem Sohn schreibst, wird vielen hier bekannt vorkommen! Meiner (mittlerweile 4 Jahre 8 Monate) war in vielen Punkten genauso: extrem wach, großes Interesse an Zahlen und Buchstaben, erstaunliches Erinnerungsvermögen. Mittlerweile kann er fließend lesen, lernt neben deutsch auch noch englisch und Gebärdensprache (der kleine Bruder ist gehörlos) und lernt extrem leicht auswendig. Und ihm ist auch oft mal ein Geräusch zu laut (wenn auch nicht so extrem, wie du das beschreibst). Das gilt natürlich nicht für von ihm selbst gemachten Lärm

Was das gewöhnen an laute Geräusche (z.B. Babygeschrei) betrifft habe ich eine Frage: ist es momentan NOTWENDIG, ihn daran zu gewöhnen? Habt ihr vor, ihn bald in eine Krippengruppe im Kindergarten zu geben oder gibt es ein jüngeres, lärmendes Geschwisterkind? Wenn nicht dann würde ich seinem Wunsch entsprechen (wenn er weggehen will) bzw. solche Situationen momentan eher vermeiden.
Entweder wird diese Abneigung gegen Lärm von selbst weniger oder sie bleibt bestehen. Wenn sie bestehen bleibt reicht es, Deinem Sohn erst dann Lärm zuzumuten, wenn es unvermeidbar ist.